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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Thank you, <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The multi-language component of the link is very useful. One to pass on locally.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Pete<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Beowulf <beowulf-bounces@beowulf.org> on behalf of Alex Chekholko via Beowulf <beowulf@beowulf.org><br>
<b>Reply-To: </b>Alex Chekholko <alex@calicolabs.com><br>
<b>Date: </b>Tuesday, December 19, 2017 at 4:45 PM<br>
<b>To: </b>John Hearns <hearnsj@googlemail.com><br>
<b>Cc: </b>Beowulf Mailing List <beowulf@beowulf.org><br>
<b>Subject: </b>Re: [Beowulf] Thoughts on git?<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
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<div>
<p class="MsoNormal">Here is a user-friendly guide that can provide you with some motivation to use git:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
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<div>
<p class="p1"><span class="s1"><span style="font-size:12.0pt"><a href="http://www-cs-students.stanford.edu/~blynn/gitmagic/">http://www-cs-students.stanford.edu/~blynn/gitmagic/</a></span></span><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Tue, Dec 19, 2017 at 8:41 AM John Hearns via Beowulf <<a href="mailto:beowulf@beowulf.org">beowulf@beowulf.org</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<div>
<p class="MsoNormal">Faraz, I use git every day. <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">We have Bitbucket here, and have linked the repositories to Jira for our sprint planning and kanban.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Anyway - you say something very relevant  "<span style="font-size:9.5pt">I have never had a need to go back to an older version of my script."</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">It is not only about rollback to older versions. If you are workign in a small team, I think you really have to have the production version of scripts defined somewhere.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">For instance I work with PBS Hooks, which are Python scripts. I need to know which are the ones in use on our PBS server.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">(Yes -you can do a fetch of the script from the PBS server. I know how to do that).</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">But it is cleaner and easier to point towards the master of that repo and say - these are the PBS hooks we are using right now.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">I can then create a branch and go off to implemen tchanges on our test cluster - knowing that the master branch remains untouched.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">When we are happy I get a colleague to to a merge.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Regarding the command line of git, I do agree that it can be confusing.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">I discovered the Atom editor, which has an in-build GUI for git. </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt"><a href="https://webdesign.tutsplus.com/articles/quick-tip-how-to-use-atom-as-a-git-gui--cms-21073" target="_blank">https://webdesign.tutsplus.com/articles/quick-tip-how-to-use-atom-as-a-git-gui--cms-21073</a></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Also now start to think about disaster recovery, and software defined infrastructure.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Firstly, lets us be extreme. Your data centre burns down. Your management are breathing down your neck. They want the service back up and running.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Funds magically appear, and a bunch of servers appears on the loading dock of the new data centre.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Are you confident those scripts can be integrated onto the new setup?</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Also the trend now is to software defined infrastructures. You stand up new nodes and configure them using defined rules.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">You may want to copy some of those scripts onto the nodes - lets' say they are PBS hooks, or pre job healthchecks.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">I admit we are nowhere near doing that effictively, but it is our goal.</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">On 19 December 2017 at 17:11, Faraz Hussain <<a href="mailto:info@feacluster.com" target="_blank">info@feacluster.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<p class="MsoNormal">I am curious what people think of git. On one hand everyone seems to be using it and proclaiming its virtues. On the other hand it seems way overkill for how the majority of people code.<br>
<br>
I maintain dozens of scripts to manage various HPC environments . None are more than a few hundred lines long. To do backups of scripts, I just copy them to some backup folder. Occasionally I might tar them up and copy them to a different server. I have never
 had a need to go back to an older version of my script.<br>
<br>
So I tried to learn git but find it very confusing. It seems designed for teams of developers working on some million+ line of code project. For my rinky-dinky scripts it just adds a lot of confusion. It seems I need to "commit" to using git everyday in order
 for it to be effective. Otherwise, use it or lose it.<br>
<br>
Should I force myself to use git everyday? Or maybe find some incrementally better way to manage backups of my scripts?<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Beowulf mailing list, <a href="mailto:Beowulf@beowulf.org" target="_blank">Beowulf@beowulf.org</a> sponsored by Penguin Computing<br>
To change your subscription (digest mode or unsubscribe) visit <a href="http://www.beowulf.org/mailman/listinfo/beowulf" target="_blank">
http://www.beowulf.org/mailman/listinfo/beowulf</a><o:p></o:p></p>
</blockquote>
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<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
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<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
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<p class="MsoNormal">Sent from a "phone".<o:p></o:p></p>
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 The Wellcome Trust Sanger Institute is operated by Genome Research 
 Limited, a charity registered in England with number 1021457 and a 
 company registered in England with number 2742969, whose registered 
 office is 215 Euston Road, London, NW1 2BE. 

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