<span style="color: rgb(51, 51, 255);">Hi All,</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">I installed AMBER8 on Opteron Dual core, dual processor, Rocks cluster with the following options/libraries:
</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">Compiler: Intel 9 Fortran and C++ compilers.</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">
Blas Library: MKL8</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">MPI: MPICH2 compiled with Intel compiler.</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br style="color: rgb(51, 51, 255);">
<span style="color: rgb(51, 51, 255);">During make serial, I got an error for xterm library(libXt.so). Then found this lib's availability at /usr/lib64/. But the makefile of amber8/src/leap/src/leap/ has /usr/lib -lXt .. . I changed it to /usr/lib64
</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">After this I built both serial and parallel AMBER executables successfully.</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);">
<br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">But when I execute with the following:</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">
mpirun -np 4  <span style="color: rgb(153, 51, 0);">/usr/bin/numactl</span> -c0-1 $AMBERHOME/amber8/exe/sander ...input file parameters</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br><span style="color: rgb(51, 51, 255);">
Note: Numactl is used to bind the processes to particular processors for better performance.</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">its giving:
</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">symbol lookup error:       undefined symbol: __intel_cpu_indicator</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);">
<br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">I guessed, this might relate to MKL library. </span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">
During 'make' it was taking MKL lib*.so files from $MKL_HOME/lib/32 (in config.h file).</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">Changed $MKL_HOME/lib/32 to $MKL_HOME/lib/64 since the arch is AMD64 opteron. But it is giving incompatible -
libvml.so file.</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">I'm not getting why this error is coming. <br><br>Any help for this will be appreciated.
<br style="color: rgb(51, 51, 255);"></span><br><font color="#3333ff"><span style="color: rgb(102, 51, 102);">Thanks & Regards,</span><br style="color: rgb(102, 51, 102);"><span style="color: rgb(102, 51, 102);">Sangamesh
</span><br style="color: rgb(102, 51, 102);"><br></font>